2.661->3.121-jaにアップグレードしたところ,
エントリー編集やテンプレート編集の画面中にあるTEXTAREAの内容のHTMLタグが,
特殊文字(たとえば<なら&lt)に変換される状態になっています.
このまま保存→構築するとHTMLが壊れてしまうので危険な状態.
Webで調べてもほかにそういうことを言っている人がいないので
こちらの問題と思い,3日日中にでも作り直してみたいと思います.
(追記1/3)
3.121-fullを解凍し,mt.cfg等を設定したものに完全に入れ替えるだけで
あっさりと解決しました.
upgrade中にどうなったのかは,diff比較してみたものの,結局わからずじまいでした.